CHKO Žďárské vrchy je rozdělená do čtyř zón, které odrážejí přírodní hodnoty území.

I. zóna

zahrnuje většinou maloplošná zvláště chráněná území a přírodě blízké či člověkem málo pozměněné lokality. Jedná se zejména o podmáčené a rašelinné louky s výskytem chráněných druhů organismů buď s plánovanou péčí nebo ponechané přirozenému vývoji. Dále se jedná o vodní plochy s cennou pobřežní litorální zónou (pásmem vodou ovlivněné příbřežní vegetace) a přirozeně meandrující toky. Na lesní půdě jsou to plochy s přírodě blízkou druhovou skladbou či výskytem skalních útvarů.

Ve II. zóně

se nachází louky potočních a říčních niv a další málo intenzivně využívané travní porosty částečně s navazující ornou půdou, krajinářsky zachovalá území s dochovanou strukturou mezí a kamenic a bohatou mimolesní zelení spolu s prvky původní architektury. Dále část rybníků a toků a druhově pestřejší lesní porosty.

Do III. zóny

jsou zařazeny člověkem pozměněné a běžně hospodářsky využívané ekosystémy, tj. orná půda a intenzivně obhospodařované travní porosty, vodní plochy a hospodářské lesy s výrazně pozměněnou druhovou skladbou. Zahrnuje také většinu menších a středně velkých sídel.

IV. zónu

tvoří intenzivně obhospodařované větší celky zemědělské půdy a souvisle zastavěná území větších sídel.