V podhorských lesích s převahou buku žije celá řada vzácných ptáků, jako jsou holub doupňák a lejsek malý, sovy sýc rousný a kulíšek nejmenší, kteří hnízdí v dutinách starých stromů. Potkat zde můžeme také atraktivně zbarveného šplhavce datlíka tříprstého. Své útočiště zde nalézá i naše největší kočkovitá šelma, rys ostrovid. Na skalách kaňonu Vltavy hnízdí mohutná sova výr velký.
Ve Chvalšinském a Křemžském potoce se vyskytuje vzácná ryba vranka obecná a také mihule potoční. Pozorný návštěvník může najít stopy pobytu vydry říční. V okolí vodních ploch se setkáme s atraktivními žábami kuňkou obecnou a blatnicí skvrnitou, na řadě míst najdeme čolka velkého a čolka horského.
Druhovou pestrost bezobratlých Blanského lesa lze nejlépe sledovat na stepních a lesostepních společenstvech na vápencích u Českého Krumlova. Najdeme tu např. modráska vikvicového, modráska hnědoskvrnného nebo přástevníka kostivalového. Na pastvinách lze najít pavučinové nory pavouka sklípkánka černého a na květech nápadného brouka zdobence pestrého.
Na vlhkých loukách lze spatřit vzácné motýly perleťovce mokřadního, hnědáska rozrazilového a modráska očkovaného. Naproti tomu naší pozornosti snadno unikne drobný, vzácný měkkýš vrkoč útlý, velikost jeho ulity nepřesahuje 1,8 mm.
V přirozených podhorských lesích s převahou buku a s podílem mrtvého dřeva žije vzácný střevlík nepravidelný. Smrkové lesy na jižních svazích Kletě obývá mimořádně početná populace mravenců boreálních. Specifickým biotopem jsou sutě s typickou faunou pavouků.
V přirozených vodních tocích se vyvíjejí např. šídla – chráněná klínatka rohatá a žlutočerně zbarvený páskovec kroužkovaný a lze zde spatřit i raka říčního.
