Blanský les byl až do středověku součástí souvislého hraničního pralesa, který tvořily převážně bučiny. Nyní lesy pokrývají 56 % území chráněné krajinné oblasti, podíl listnáčů je 27 %. Nejvýznamnější jsou smíšené podhorské lesy s převahou buku a s bohatým bylinným podrostem.
V severozápadní části Blanského lesa a v údolí Vltavy jsou vyvinuty suťové lesy, kde se v bylinném podrostu hojně vyskytuje měsíčnice vytrvalá. V Křemžské kotlině rostlou na hadcovém podloží typicky vyvinuté hadcové bory. V členitém kaňonu Vltavy se nachází pestrá mozaika lesních společenstev (bučiny, doubravy, suťové lesy, reliktní bory, jedliny) a místy i skalní vegetace s nápadnou tařicí skalní. Největší koncentraci teplomilných, vápnomilných a hájových druhů flóry v jižních Čechách lze nalézt u Českého Krumlova - v národní přírodní rezervaci Vyšenské kopce. Rostou zde například hořec křížatý, okrotice červená a bělozářka větevnatá.
Lesní společenstva Banského lesa jsou tvořena převážně druhy smíšených a listnatých lesů, z nichž některé, díky blízkosti Šumavy, patří mezi podhorské až horské. Mezi tyto druhy lze řadit rozrazil horský, kostřavu lesní, kyčelnici devítilistou, kyčelnici cibulkonosnou, věsenku nachovou a další. Zvláštní a významnou skupinou jsou druhy alpského původu, to jsou druhy, jejichž hlavní část výskytu leží v Alpách a v jižních Čechách jejich rozšíření končí. Mezi alpské migranty patří kýchavice bílá, kamzičník rakouský, pleška stopkatá a dřípatka horská.
Nejvýznamnější nelesní společenstva, zachovalé louky a pastviny, se nacházejí na jižních svazích Kletě na vápencovém podloží. Vápenec zde tvoří zásaditý ostrov v převážně kyselé jihočeské krajině a umožnil přítomnost vápnomilných a světlomilných druhů rostlin. Mezi nejpůvabnější a nejvzácnější druhy patří např. sasanka lesní, hořec křížatý, vítod chocholatý nebo parazitická záraza bílá a samozřejmě orchideje – kruštík tmavočervený, měkčilka jednolistá či vemeník dvoulistý.
Snad ještě vzácnější jsou tzv. vlhké louky a pastviny, které byly téměř všechny odvodněny a vysušeny. Ty, které se dochovaly, hostí stále vzácnější druhy rostlin jako např. hvozdík pyšný, ostřice Davallova, hladýš pruský nebo orchidej prstnatec májový.
