Celá oblast CHKO Blanský les náleží k povodí Vltavy, která tvoří východní hranici území v délce 12 km v hlubokém údolí s průměrným spádem 3,2 %. Největším levostranným přítokem Vltavy je Polečnice, která svými přítoky odvodňuje jižní svahy Blanského lesa. Zleva ústí do Polečnice Chvalšinský potok. Druhým levostranným přítokem Vltavy je Křemžský potok, který odvodňuje celou Křemžskou kotlinu. Většina potoků byla dříve upravena melioračními zásahy. Potok Borová se díky Agentuře ochrany přírody a krajiny ČR, Správě CHKO Blanský les podařilo revitalizovat a vytvořit nové koryto (téměř 3,5 km) s meandrující trasou.

V oblasti se nachází 150 rybníků o celkové výměře 54 ha. Pouze čtyři rybníky však mají rozlohu větší než 5 ha — v roce 1999 obnovený Podnovoveský rybník (20 ha), Křemžský (10 ha), Borský (10 ha) a Brložský rybník (5 ha).