Na území CHKO Poodří se nachází 10 maloplošných zvláště chráněných území následujících kategorií:
- Národní přírodní rezervace: Polanská niva
- Přírodní rezervace: Rezavka, Polanský les, Rákosina, Bažantula, Kotvice, Koryta, Bartošovický luh a Bařiny
- Přírodní památka: Meandry staré Odry (přírodní památka Pusté nivy byla zrušena v roce 2014)
Jako orgán ochrany přírody spravujeme také tato maloplošná zvláště chráněná území národních kategorií (mimo území CHKO Poodří):
- Národní přírodní rezervace: Kaluža, Čantoria
- Národní přírodní památka: Skalická Morávka, Landek, Odkryv v Kravařích, Šipka, Ptačí hora a Velký Roudný.
